عوارض جانبی احتمالی این روش بسیار محدود هستند و این روش درمانی بسیار ایمن می‌باشد. معایب احتمالی میکرودرم بسیار محدود بوده و تنها بر اپیدرم که بیرونی ترین لایه پوست است، اثر می‌گذارد.

به عنوان یک قانون کلی، هرچه مزایای احتمالی درمان زیبایی بیشتر باشد، ریسک ها و عوارض جانبی احتمالی نیز بیشتر خواهد بود. عوارض جانبی احتمالی روش های تهاجمی‌تر مانند درم ابریژن و لیزر بسیار بیشتر از این روش هستند.

عوارض جانبی احتمالی میکرودرم عبارتند از:

• تنگ شدگی پوست
• قرمزی
• کبودی مختصر
• حساسیت پوست
• تجمع رنگدانه ها (هایپرپیگمنتاسیون) پس از تورم
• خراش های ریز پوستی
• خونریزی نقطه ای
• کبودی پوست چشم (به خصوص اگر آسپرین یا داروهای رقیق کننده خون مصرف کرده باشید)
• گشادشدگی مویرگ ها
• فعال شدن مجدد تبخال دور لب ها

فعال شدن مجدد تبخال ممکن است پس از درمان با روش میکرودرم دور لب ها بروز کند. اگر سابقه تبخال دارید، یا از استفاده از این درمان دور مرزهای لب خود اجتناب کنید یا با دکتر خود در خصوص استفاده از قرص پیشگیری ضد ویروسی مشورت کنید. کرم های پیشگیری از تبخال مؤثر نیستند.

درمان بیش از حد تهاجمی‌میکرودرم ممکن است موجب شکستگی پوست و در نتیجه تجمع رنگدانه ای پس از تورم را بوجود آورد. این روش همچنین می‌تواند موجب افزایش ریسک کبودی (اکیموز یا خون مردگی) شود به خصوص اگر آسپیرین یا داروی رقیق کننده خون مانند وارفارین یا کلوپیدوگرل بی سولفات مصرف می‌کنید. چون این روش لایه برداری سطحی انجام می‌دهد، در صورت صحیح انجام شدن، موجب ایجاد جای زخم و تغییرات رنگدانه ای نمی‌شود.

همچنین گشادشدگی مویرگی ممکن است در صورتی بروز کند که پوست بسیار نازک داشته باشید، مبتلا به پینه خوردگی پوست، لوپوس بوده یا آفتاب سوختگی داشته باشید، یا بیماری های دیگر پوستی داشته باشید که موجب ضعیف شدن پوست شده یا آن را مستعد بیماری گشادشدگی مویرگی می‌کند.

همچنین اگر فردی از ایزوترتینوئین (آکیوتان) استفاده می‌کند یا طی 6 تا 12 ماه گذشته این دارو را مصرف کرده است، روش های درمان نوسازی سطح پوست مانند میکرودرم توصیه نمی‌شود، چون ریسک احتمالی برجای ماندن زخم وجود خواهد داشت.